Όταν πέρασαν οι εποχές του παγανισμού, όταν ο Χριστιανισμός έπαψε να διώκεται και αναγνωρίστηκε ως παγκόσμια θρησκεία, φαινόταν ότι όλες οι διαφορές έπρεπε να επιλυθούν. Αλλά μερικές φορές μόνο οι Οικουμενικές Σύνοδοι μπορούσαν να επιλύσουν αναδυόμενες συγκρούσεις, να αντικρούσουν αιρετικές διδασκαλίες - δεν υπήρχε ειρήνη ούτε μέσα στην Εκκλησία.
Η πρώτη Οικουμενική Σύνοδος ήταν η Σύνοδος της Νίκαιας, που συγκλήθηκε το 325. Ο λόγος για αυτό ήταν η διαδεδομένη διδασκαλία του Αλεξανδρινού πρεσβύτερου Άρειου. Η ουσία του ήταν να αρνηθεί την ταυτότητα μεταξύ Θεού Πατέρα και Θεού Υιού. Υποστήριξε ότι ο Ιησούς Χριστός δημιουργήθηκε από τον Κύριο, αλλά δεν είναι η ενσάρκωσή του. Μια τέτοια ιδέα διέψευσε θεμελιωδώς όλα τα δόγματα του Χριστιανισμού, και ως εκ τούτου αρχικά η διδασκαλία του Άρειου απορρίφθηκε από το Τοπικό Συμβούλιο. Ωστόσο, ο περήφανος πρεσβύτερος αρνήθηκε να αναγνωρίσει την απόφαση του Συμβουλίου ως νόμιμη και συνέχισε να κερδίζει τους πιστούς.
Τότε ο αυτοκράτορας Κωνσταντίνος κάλεσε επισκόπους από όλο τον κόσμο στην Οικουμενική Σύνοδο στη μικρή πόλη της Νίκαιας (τώρα ονομάζεται Iznik και βρίσκεται στο έδαφος της σύγχρονης Τουρκίας). Μερικοί από τους εκπροσώπους της Εκκλησίας που ήταν παρόντες έφεραν ίχνη βασανιστηρίων στα σώματά τους,έλαβε στο όνομα του αληθινού Χριστιανισμού. Επίσκοποι που υποστήριζαν τον Άρειο ήταν επίσης παρόντες.
Η συζήτηση διήρκεσε περισσότερο από δύο μήνες. Στο διάστημα αυτό έγιναν πολλές συζητήσεις, ομιλίες φιλοσόφων, διευκρινίσεις θεολογικών διατυπώσεων. Όπως λέει ο θρύλος, η εκδήλωση ενός θεϊκού θαύματος έβαλε τέλος στη φιλονικία. Ως ενότητα τριών αρχών, έδωσε ένα παράδειγμα ενός θραύσματος πηλού: το νερό, η φωτιά, ο πηλός δίνουν ένα ενιαίο σύνολο. Ομοίως, η Αγία Τριάδα είναι ουσιαστικά ένας Θεός. Μετά την ομιλία του, φάνηκε φωτιά από το θραύσμα, εμφανίστηκε νερό και σχηματίστηκε πηλός. Μετά από ένα τέτοιο θαύμα, η Σύνοδος της Νίκαιας απέρριψε τελικά την ψευδή διδασκαλία του Άρειου, τον αφόρισε από την Εκκλησία, ενέκρινε το Σύμβολο της Πίστεως και καθόρισε 20 κανόνες εκκλησιαστικής πειθαρχίας, καθόρισε την ημερομηνία για τον εορτασμό του Πάσχα.
Αλλά αυτό το Εκκλησιαστικό Συμβούλιο δεν έβαλε τέλος σε αυτό το ζήτημα. Η διαμάχη συνεχίστηκε για πάρα πολύ καιρό. Ακόμη και τώρα, οι απόηχοί τους εξακολουθούν να ακούγονται - ο Αρειανισμός αποτέλεσε τη βάση των διδασκαλιών των Μαρτύρων του Ιεχωβά.
Εκτός από τη Σύνοδο του 325, υπήρξε και η Β' Σύνοδος της Νίκαιας, που συγκλήθηκε από την αυτοκράτειρα Ειρήνη της Κωνσταντινούπολης το 787. Σκοπός του ήταν να καταργήσει την εικονομαχία που υπήρχε τότε. Μάλιστα, η αυτοκράτειρα έκανε δύο προσπάθειες να συγκαλέσει Οικουμενική Σύνοδο. Όμως, το 786, οι φρουροί που υποστήριζαν τους εικονομάχους εισέβαλαν στο Ναό των Αγίων Αποστόλων στην Κωνσταντινούπολη, όπου άρχισε τις εργασίες της η Σύνοδος. Οι άγιοι πατέρες έπρεπε να διασκορπιστούν.
Έχοντας καταφύγει σε σημαντικά τεχνάσματα, διαλύοντας την παλιά φρουρά, στρατολογώντας νέα στρατεύματα, η Ιρίνα συγκάλεσε ωστόσο τον καθεδρικό ναό στο787, αλλά το μετέφερε από την Κωνσταντινούπολη στη Νίκαια. Το έργο του διήρκεσε ένα μήνα, μετά τα αποτελέσματά του, αποκαταστάθηκε η προσκύνηση των εικόνων, επιτρέπονταν στις εκκλησίες.
Ωστόσο, ακόμη και αυτή η Σύνοδος της Νίκαιας δεν κατάφερε να πετύχει πλήρως τον στόχο της. Η εικονομαχία συνέχισε να υπάρχει. Το εικονομαχικό κίνημα τελικά ηττήθηκε μόλις το 843, στη Σύνοδο της Κωνσταντινούπολης.
